Die Geschichte Freyburgs beginnt mit der um 1090 auf einem Berg östlich der heutigen Stadt erbauten Neuenburg, einer weiträumigen romanischen Anlage mit Burgfried. Der Ort Freyburg, welcher unterhalb der Stadt entstand, wurde 1203 erstmals urkundlich erwähnt und erhielt 1261 Stadtrecht. Um 1220 wurde die Stadtkirche gebaut, welche um 1500 gotisch umgebaut wurde. Seit 1347 wurden in Freyburg auch Münzen geprägt. Aus dieser Zeit ist eine erste feste Brücke über die Unstrut in Freyburg nachweisbar und es wurde eine befestigte Stadtmauer errichtet.

In seiner Geschichte verzeichnet Freyburg zwischen 1551 und 1851 acht größere Stadtbrände, außerdem 1632 die Plünderung durch Tillys Truppen und anschließend auch durch die eigentlich verbündeten Schweden. 1681 wütete die Pest in Freyburg und Umgebung verheerend. Für 1690 ist sogar ein stärkeres Erdbeben verzeichnet. Wirtschaftlich ging es aufwärts nachdem 1795 die Unstrut bis Freyburg schiffbar wurde und man dadurch Güter per Schiff Richtung Halle transportieren konnte. 1847 wurde die Chaussee nach Naumburg gebaut, 1849 die nach Querfurt. Wichtiges Handelsgut war damals Wein, 1856 wurde eine erste Sektfabrik gegründet, der Vorläuferhersteller des berühmten Rotkäppchensektes.

Die Stadtkirche von Freyburg an der Unstrut. Michael Sander

Am 1. Juli 2009 wurden die vormals eigenständigen Gemeinden Pödelist, Schleberoda, Weischütz und Zeuchfeld nach Freyburg eingemeindet.